创新工程研究所成立于2000年，主要从事创新教育的理论与实践研究、指导学生开展各类创新竞赛、仪器研发及申请国家专利等。研究所自成立以来，在创造创新教育、创新人才培养、创造力开发等方面开展了多个课题的研究与实践，出版著作多部，研究成果先后获中国创造学会创造成果奖、江苏省高等学校优秀教学成果奖，江苏省高等学校精品教材、江南大学优秀教学成果奖和无锡市软科学研究优秀成果奖等多个奖项。

近年来，研究所积极组织学生开展科技创新、发明创造活动，指导学生改进、研制和开发了多台仪器器材，在历届全国大学生创新体验竞赛、全国大学生物理实验竞赛、江苏省高校大学生物理及实验科技作品创新竞赛等赛事中获多个奖项，授权国家专利300余件。